Brainstorm a été fondé en 1989 par Milan Loncaric (guitare), Torsten Ihlenfeld (guitare) et Dieter Bernert (batterie). Un an après sa création le groupe sort sa 1ère démo intitulé Hand of Doom. Le groupe continue en recrutant Marcus Jürgens au poste de vocaliste et Andreas Mailänder comme bassiste. Cette avec cette formation qu'ils donneront quelques concerts, sortiront plusieurs compilations et démos dont Heart of Hate (1993), The 5th Season (1994) & Promo '96 (1996).
Les efforts finissent par payer car Brainstorm signe son 1er premier contrat d'enregistrement en 1997 chez B.O. Records. La même année sort le 1er album nommé Hungry enregistré et auto-produit au Heidenheimer Wasteland Studio. Ce disque permettera à la formation allemande d'effectuer une tournée européenne. En 1998 sort Unholy le second opus sur lesquelles figures des invités tel que Dirk Butcher (Gamma Ray), Harald Spengler (Stormwitch) et il produit par Charlie Bauerfeind (Blind Guardian, entre autres, Gamma Ray). Ce disque voit le groupe en amélioration constante sur ses chansons et sur la production. Les critiques de la presse qui émanent de se second essai sont positives.
Cette amélioration permet au combo de tournée en europe avec Iced Earth.
En 1999 le poste de chanteur est laissé libre par Marcus Jürgens. Henning Basse assura brièvement le chant pendant quelques concerts. C'est finalement Andy B. Franck ex-Ivanhoé et fondateur de son propre groupe
Symphorce qui reprendra le flambeau. Par la suite le groupe change de label en signant avec Metal Blade Records. Le 3ème essai Ambiguity (2000) est produit par Dirk Schlächter et Sascha Paeth au House of Music Studio. La critique qu'il reçoit est toujours aussi bonne, contribue Brainstorm a effectuer une tourné européenne et des apparitions sur des festivals.
Parut en Octobre 2001, Metus Mortis produit par Achim Köhler offre une nouvelle tournée en compagnie de Grave Digger et Tierra Santa. Plusieurs magazines de la presse métal mettront l'opus comme album du mois. Soul Temptation sort en 2003 avec à la clef Highs Without Lows le 1er clip du groupe.  La formation se produira à des festival à travers l'Europe et à des concerts supplémentaires comme en ouverture pour Saxon et une tournée avec leur compatriote Edguy.
A l'aube de publier un 6ème opus Brainstorm sort le 7 mars 2005 un single All Those Words qui sera immortalisé avec un clip vidéo. Liquide Monster paraîtra le 4 avril 2005 et il est encore suivit d'une tournée à succès.

En 2006 pour fêter 10 ans de festivités d'albums  le groupe réédite leur deux premier opus Hungry et Unholy.
Andreas Mailänder quitte le groupe en 2007 lassé de la musique et ne pouvant être tout le temps disponible pour le combo. La même année sort le DVD Honey From The B's (Beasting Around The Bush) qui propose deux concerts du groupe : un live à Budapest et au Wacken ainsi que plusieurs autres extraits live. A cela s'ajoute des photos & des interviews.
En Octobre 2007 sort le single du nouvel album Fire Walk With Me en guise d'amuse gueule pour les fans qui attende le successeur de Liquide Monster.

Downburst produit par Sascha Paeth & Miro est le titre de la nouvelle livraison de Brainstorm qui paraît en janvier 2008. L'album surprend plus que ces prédecesseurs notamment avec l'emploi plus prononcé de clavier et de partie orchestrale. La formation allemande repart avec 16 concerts en europe en tête d'affiche en mars 2008 ainsi que de nombreuses apparitions en festival. C'est alors qu'ils intègrent un nouveau bassiste Antonio Leva à la place d'Andreas Mailander. Il est alors prévut une deuxième partie de tournée en compagnie de Firewind mais le combo annule plusieurs shows pour cause de problème familiaux d'un de ses membres. Leur label de l'époque Metal Blade Records, ne fait rien pour les exposers en refusant d'allouer le budget nécessaire pour qu'ils fassent partie de la tourné Judas Priest /Megadeth.














Le contrat terminé avec Metal Blade Records, Brainstorm prend un nouveau départ professionnel en sigant chez AFM Recors. Cette collaboration se soldera par un première opus Memorial Roots en vente le 16 octobre 2009. Une tournée européenne est alors d'actualité avec Primal Fear en tête d'affiche et Jaded Hearth en ouverture. A cette occasion un passage en France est effectué le 26 octobre 2009.